深部真菌病是指侵害皮肤、粘膜和内脏的真菌所引起的感染。病原菌的种类有很多种。这些病原菌广泛存在于土壤、动物粪便、乳汁中，犬主要通过接触污染的土壤或经呼吸道、消化道而感染，只有少数真菌具有接触传染性。深部真菌病可发生于体内各脏器，其病变特征是：肉芽肿性炎症、坏死、脓肿、溃疡、痿管、结缔组织增生和形成结节。饲料中广泛添加抗菌药物，可能是犬发生深部真菌病的重要原因。
    犬易发生的几种主要深部真菌病是：
    1．组织胞浆菌病
    其病原为荚膜组织胞浆菌。生长在土壤中，主要经呼吸道感染，病犬主要呈现持久、不易治愈的顽固性咳嗽和腹泻，无痰液排出。病犬厌食、消瘦、不—规则发热、呕吐、皮炎，腹壁触诊常可发现肿大的肠系膜淋巴结。慢性病例有时可见颊粘膜发生溃疡，扁桃体肿大。
    临床上发现犬呈现难以治愈的咳嗽或腹泻时，即应考虑本病。如有条件应以荚膜组织胞浆菌素做皮内试验，还可做胸部X线透视、血清补体结合试验、琼脂扩散试验等进行诊断。
    两性霉素B对本病有很好的疗效，总用量为4毫克／千克体重，分为10次，每隔两日注射1次，临用前先以注射用水溶解，再用葡萄糖盐水稀释成0．1％(毫克)后静脉注射。总量不能超过5毫克／千克体重，否则可损害肾脏。克霉唑(抗真菌 1号)对本病也有良好的疗效，剂量为0．75～1．5克，分两次内服。
    2．球孢子菌病
    其病原为球孢子菌。主要经呼吸道感染。病犬的肺脏及支气管或纵隔淋巴结发生肉芽肿，病犬呈现体温升高，咳嗽，呼吸困难，食欲不振，消瘦和腹泻。侵害关节时，即呈现跛行和肌肉萎缩。
    本病在犬群中传播迅速。当犬中出现可疑症状时，应进一步进行胸部X线照相，有条件时可做球孢子菌素皮内试验及血清补体结合试验。
    治疗方法同组织胞浆菌病。
    3．芽生菌病
    其病原为皮炎芽生菌。
    本病可分为全身型和皮肤型两种。全身型主要表现为肺脏的疾病，病犬精神沉郁、发热、厌食、消瘦及咳嗽。剖检病死犬时，肺脏各叶都有结节和脓肿，肺脏呈现灰白色或淡红色斑纹状，并有局灶性或弥漫性硬变。肉芽肿结节的中心发生坏死，但不钙化。病变向周围蔓延时，可使支气管和纵隔淋巴结肿大、化脓，甚至引起胸膜炎。皮肤型芽生菌病表现为单发性或多发性皮肤肉芽肿，最后则在中心液化坏死和发生溃疡。
    胸部X线照片所见到的肺部未钙化结节或硬变，有助于该病的诊断。最好对皮肤结节做活组织检查。从脓汁、痰液中镜检时，发现有单个的或出芽的球形细胞且细胞壁厚而有折光性(双层轮廓)时，即可确诊。 本病一旦扩散，难以治愈。早期可用两性霉素B治疗。对皮肤结节可施行手术摘除。
    4.隐球菌病
    其病原为新型隐球菌。它存在于泥土中，可从土壤、鸟粪、水果和乳汁中分离到。
    犬的隐球剪病主要侵害脑、脑膜、鼻旁窦以及肺、脾、肌肉、关节、皮肤等部位，引起病犬的运动失调，转圈运动，行为异常，跛行，感觉过敏和鼻漏。剖检时，于鼻旁窦、鼻甲骨，鼻腔以及脑有小的化脓灶，脑膜有粘液脓性炎症。耳、眼险和脚等部位可见皮下肉芽肿。
    在临床上发现病犬有不明原因的呼吸道和中枢神经系统的症状时，应考虑到隐球菌病的可能性。如能进一步做病原检查、血清学试验及病理组织学检查，均有助于本病的确诊。
    治疗方法同组织胞浆菌病。
    5．孢子丝菌病
    病原为申克氏孢子丝菌，经创伤感染。
    病变主要侵犯皮肤，常发生于肢端，并沿淋巴管蔓延，形成典型的带状肿。原发部位为坚实、无弹性、可移动、无压痛的结节或肉芽肿，结节部被毛脱落后，可看到附有渗出物，干涸后形成结痂，有的结节可形成脓肿，破溃后形成溃疡。